Com o objetivo de possibilitar o constante aperfeiçoamento técnico e científico de profissionais e pesquisadores da região, o IFSertãoPE oferece os seguintes cursos de pós-graduação:

 - Lato Sensu (especialização)

• Educação Intercultural Indígenas e Quilombolas
• Metodologia do Ensino de Línguas
• Pós-Colheita de Produtos Hortícolas
• Recursos Hídricos para o Semiárido
• Tecnologia Ambiental e Sustentabilidade nos Territórios Semiáridos
• Tecnologias Digitais Aplicadas à Educação
• Tecnologias de Produção de Derivados de Frutas e Hortaliças
• Manejo de solo e água
• Gestão Escolar

- Stricto Sensu (mestrado)

• Mestrado Profissional em Educação Profissional e Tecnológica em Rede Nacional (ProfEPT)

O IFSertãoPE também oferece apoio para servidores que desejam realizar pós-graduação Stricto Sensu em outras instituições de ensino, seja em nível de mestrado (acadêmico ou profissional), doutorado ou pós-doutorado. Anualmente, são lançados editais específicos para a concessão de bolsas aos servidores da instituição que estejam vinculados a programas de pós-graduação Stricto Sensu, além de outras iniciativas voltadas para esta finalidade.