Os cursos de qualificação profissional, incluindo a Formação Inicial e Continuada Integrada ao Ensino Médio na modalidade Educação de Jovens e Adultos (Proeja/FIC), têm por objetivo a formação profissional associada à elevação da escolaridade na etapa do Ensino Médio. O IF Sertão-PE oferece os seguintes cursos na modalidade Proeja/FIC:

• Auxiliar de Agropecuária Integrado ao Ensino Médio
• Eletricista Instalador Predial de Baixa Tensão 
• Mestre de Obras
• Operador de Computador 
• Operador de Processamento de Frutas e Hortaliças