O IFSertãoPE é composto pela Reitoria (unidade administrativa ) e sete campi. A Reitoria, na sua estrutura organizacional, é basicamente composta pela Diretoria Executiva e por cinco pró-reitorias que representam os principais eixos de atividades: Pró-Reitoria de Ensino (PROEN), Pró-Reitoria de Pesquisa, Inovação e Pós-Graduação (PROPIP), Pró-Reitoria de Extensão e Cultura (PROEXT), Pró-Reitoria de Desenvolvimento Institucional (PRODI) e Pró-Reitoria de Orçamento e Administração (PROAD). As Pró-Reitorias se estendem em Diretorias, Departamentos, Coordenações e/ou setores. 

Os campi são gerenciados por Diretores-Gerais, amparados por seus conselhos, e são formados, basicamente, por um setor de ensino; um de pesquisa, inovação e pós-graduação; um de extensão; e um de administração. Também se ramificam em outros departamentos, coordenações e/ou setores. Além dos órgãos executivos, também existem os órgãos colegiados, que deliberam e orientam diversas decisões de gestão. 

Os colegiados superiores são os Conselhos de Campus, determinados por regulamentação interna do IFSertãoPE e presentes em cada campus; e o Conselho Superior, órgão máximo de toda a instituição, definido por lei. Para visualizar a estrutura organizacional do IFSertãoPE, acesse os organogramas baixo:

 ORGANOGRAMAS

Reitoria (Última atualização 24.08.2022)

Campus Petrolina (Última atualização 31.03.2022)

Campus Petrolina Zona Rural (Última atualização 31.03.2022)

Campi das Fases de Expansão (Floresta, Salgueiro, Ouricuri, Santa Maria da Boa Vista e Serra Talhada - Última atualização 31.03.2022)